Учет разрешенного ПО

Копать в сторону контроля программ по “Белому списку” , не заниматься учетингом и контроллингом, а просто не допускать запуска и установки того, чего нет в эталоне. 

https://support.kaspersky.com/keswin/11/ru-ru/165718.htm

Предварительно обновить сервер KSC и клиентов до поддерживаемых версий, негоже 10 использовать, там вроде как как раз в какой-то момент был переход с md5 хеша на sha256

Это актуально не для учета, а для контроля программ. Можно, конечно, реализовать контроль только по мета-тегам, а не хэшу, но надежность этого страдает. И это стандартный функционал KSC.

А то, что вы описываете “запускалась инвентаризация, и в случае если она находит ПО, которого нет в нашем списке, то выдавался отчет о расхождении” - это в отдельных задачах существует: отдельно задачу инвентаризации можно запустить, отдельный отчет по установленному ПО можно получить, но сравнить… скорее сторонними средствами или может KSC Open API это умеет.